新中国成立初期，我国科学水平十分落后。专门从事科学研究工作的人员不足500人，专门的科研机构只有30多个，基础研究几乎是从零开始起步。经过60年特别是改革开放以来的努力，基础研究事业飞速发展，基本形成了门类齐全的学科体系，我国已成为世界上少数几个基础学科体系较为完备的国家之一。主要反映在基础研究产出的中国科学家发表的国际论文增长迅速，质量不断提高，引起国际科技届的广泛关注。1978年，SCI收录的中国论文仅有502篇。2008年世界SCI论文总数为143.74万篇，收录中国SCI论文为11.67万篇（中国内地产出8.91万篇），占世界份额的8.12%，世界排名一举超越德国和日本，进入第3位，与第2位的英国相差无几。1998—2008年我国SCI论文共被引用288.08万次，总被引用次数的国际排名从2002年的第20名上升至2008年的第9名，我国SCI论文篇均被引用次数从1992—2002年的2.55次增长到1998—2008年的4.81次，表明我国SCI论文的质量有了大幅跃升。若干领域已具有重要国际影响力。我国基础学科在国际上的综合排名，1996—2005年为第13位，1999—2008年达到第7位。其中，数学、物理、化学、工程技术、计算机、材料、地学等位于世界前8位，生命科学、空间科学、环境科学等虽然总体差距还较大，但成长迅速。
目前，我国从事基础研究的全时人员已达11万人，仅次于美国，居世界第2位。新中国成立以后直到“文革”期间，我国科学家应邀担任国际一些重要学术组织的领导人可谓“凤毛麟角”。如今，我国科学家共参加356个国际科技组织，有206位科学家在各类国际科技组织中出任各级领导职务。越来越多的中国科学家应邀担任国际重要学术期刊的编委、审稿人，越来越多的中国科学家获得了国际科技奖励。形成了只有少数几个科技大国才具备的，包括研究实验基地、大型科学装备、自然科技资源、科学数据、科技文献等各类科研基础设施体系。
正确把握我国基础研究发展的阶段特征在充分肯定成绩的同时，对我国基础研究的实力和水平应保持清醒认识。我国基础研究实力和水平同发达国家相比，还有相当大的差距。诺贝尔科学奖至今尚未实现零的突破，在国际上有重大影响的基础研究成果鲜有中国科学家的名字。从论文统计数据看，数量排名靠前，质量排名靠后。2008年我国SCI论文总数进入第3位，但总被引用次数只排第9位；篇均被引用次数只有4.81次，只与印度接近，与国际平均引用数还有相当大的差距，与美国、英国、德国、日本等发达国家差距更大。我国尚没有一个学科的论文的篇均被引用次数达到世界平均水平。最近，国外有人撰文指出，中国研究者近些年写了大量论文，世所罕见，但大多数研究人员都在重复地做低层次的简单的研究工作。中国知识产品的数量极其庞大，但是附加值非常低，中国在世界知识链上仍然处于底端。有学者提出，当前，很多重要的研究领域仍由欧美发达国家主导，我国科学家的研究总体上还是跟踪性的，原始创新研究较少，同时有分量的成果十分有限。尽管我国科学家在国内外研究刊物上发表了大量文章，但在新的科学概念和新的科学领域的提出、科学成果的最终总结上的贡献仍十分有限。从基础研究队伍看，我国缺少能够引领当代科学潮流的科学大师，获得国际权威科学奖的人很少。在国际学术组织和学术刊物中任职的中国人近年来虽有增加，但总体上数量偏少，在国际权威科学组织中出任外籍院士的人数不仅低于发达国家，也低于印度。科技部2007年组织开展了对我国科技创新能力评价，结果表明，我国科技创新能力在世界主要国家和地区中处于中游水平，而其中知识创造能力更弱，低于知识扩散与应用能力、创新绩效影响能力和创新资源投入能力。这在一定程度上反映基础研究是我国科技创新链条中的薄弱环节，实力和水平不容高估。客观地看，目前我国基础研究处于发展中国家前列，但整体的创新能力和研究水平与发达国家存在较大的差距，正处于从跟踪、积累到酝酿突破的阶段，要达到国际先进水平还需要一段时间，甚至可能是比较长的时间。对此我们应有清醒的认识。
着力解决我国基础研究发展中的突出问题在正确把握我国基础研究所处阶段的基础上，推进我国基础研究继续发展，必须正视和着力解决我国基础研究发展面临的突出问题。创新环境亟待改善。科学家是基础研究工作的主体，千方百计为科学家创造良好的环境是我们当前的一项紧迫任务。新中国成立以来特别是改革开放以来，随着科技投入的不断增加，科学家的生活条件、科研用房和科研仪器设备等硬件条件大大改善。但有利于创新的软环境建设亟待加强。“中国的科技界目前存在诸多的道德、学风和管理制度上的问题”。基础研究中急功近利、浮躁等不良风气时有表现，较少有人能够潜下心来，“十年磨一箭”，坚持开展探索性强、风险高、周期长的研究。针对这一问题，有关部门已经做了大量工作，但成效不甚明显。据中国科协最近的调查，近半数科技工作者仍然认为，当前学术不端行为是普遍现象。多数科技工作者认为，“学术评价制度不合理”、“社会大环境不好”、“监督机制不健全”是造成学术不端行为泛滥的主要原因。
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